Crédit d'impôt recherche et innovation (CIR, CII) : règles, démarches

Le crédit d'impôt recherche est calculé sur les dépenses de recherche qu'une entreprise expose au cours d'une année civile, quelle que soit la date de clôture de son exercice (article 49 septies J de l'annexe III au CGI). Il s'impute sur l'impôt dû et, à défaut, constitue une créance sur l'État.

Selon le guide du CIR 2025 du ministère chargé de la recherche, le CIR regroupe trois catégories de dépenses : les dépenses de recherche, les dépenses d'innovation, réservées aux PME au sens du droit de l'Union européenne (le k du II de l'article 244 quater B, appelé CII), et les dépenses de collection du secteur textile-habillement-cuir.

Un crédit d'impôt distinct, prévu à l'article 244 quater B bis du CGI, vise les sommes facturées par des organismes de recherche et de diffusion des connaissances agréés dans le cadre de contrats de collaboration de recherche ; le guide ministériel le désigne sous le sigle CICo.

Peuvent bénéficier du crédit d'impôt les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d'après leur bénéfice réel, ainsi que celles qui sont exonérées en application de certains régimes d'exonération temporaire énumérés au I de l'article 244 quater B (articles 44 sexies, 44 sexies A, 44 octies A, 44 octies B, 44 duodecies et 44 terdecies à 44 septdecies du CGI).

La fiche de l'administration fiscale précise que le régime réel peut être applicable de droit ou sur option, et cite parmi les entreprises temporairement exonérées les entreprises nouvelles, les jeunes entreprises innovantes et les entreprises implantées dans certains zonages (zones franches urbaines – territoires entrepreneurs, zones de revitalisation rurale, zones de développement prioritaire, bassins d'emploi à redynamiser, bassins urbains à dynamiser, zones de restructuration de la défense, zones franches d'activité outre-mer).

Les opérations de recherche doivent être localisées au sein de l'Union européenne ou, sous conditions, dans un autre État partie à l'accord sur l'Espace économique européen ayant conclu avec la France une convention d'assistance administrative en vue de lutter contre la fraude et l'évasion fiscales.

Le volet innovation n'est ouvert qu'aux entreprises qui répondent à la définition des micro, petites et moyennes entreprises figurant à l'annexe I du règlement (UE) n° 651/2014. Le guide ministériel rappelle que cette qualification tient compte des entreprises liées et partenaires, dont les effectifs et données financières sont agrégés selon le niveau de participation.

L'article 49 septies F de l'annexe III au CGI distingue trois catégories d'opérations. La recherche fondamentale vise à analyser des phénomènes et à les expliquer par des théories. La recherche appliquée recherche les applications possibles d'une recherche fondamentale ou des solutions nouvelles en vue d'un objectif déterminé ; elle aboutit à un modèle probatoire de produit, d'opération ou de méthode. Le développement expérimental s'appuie sur des prototypes ou des installations pilotes pour produire des matériaux, produits ou procédés nouveaux, ou les améliorer substantiellement.

La doctrine administrative (BOI-BIC-RICI-10-10-10-20) exige en outre que l'opération satisfasse aux cinq critères du Manuel de Frascati de l'OCDE :

• nouveauté : l'opération comporte un élément nouveau ;
• créativité : elle repose sur une démarche originale ;
• incertitude : son issue n'est pas connue d'avance ;
• caractère systématique : elle suit une démarche méthodique ;
• transférabilité ou reproductibilité : ses résultats peuvent être transférés ou reproduits.

Selon la même doctrine, l'état des techniques existantes, ou état de l'art, constitue la référence pour apprécier si un projet nécessite une opération de recherche. Si le problème posé n'a pas trouvé de solution dans les connaissances accessibles, il constitue un verrou qui justifie une opération de recherche ; si une solution existante permet de le contourner, les travaux relèvent de l'ingénierie et ne sont pas éligibles.

Les connaissances accessibles comprennent les publications et les brevets, gratuits ou payants ; les documents secrets n'en font pas partie.

Le guide ministériel ajoute que sont éligibles les activités indispensables à la réalisation d'une opération de recherche, sous des conditions qu'il précise, et que le seul développement d'un logiciel ou d'une fonctionnalité nouvelle, sans démarche explicite de recherche, n'est pas éligible.

Le volet innovation porte sur la conception de prototypes ou d'installations pilotes de produits nouveaux, pour les dépenses exposées jusqu'au 31 décembre 2027 (k du II de l'article 244 quater B ; BOI-BIC-RICI-10-10-45).

Un produit nouveau est un bien corporel ou incorporel qui n'est pas encore mis à disposition sur le marché et qui se distingue des produits existants ou précédents par des performances supérieures sur le plan technique, de l'écoconception, de l'ergonomie ou de ses fonctionnalités. Un prototype ou une installation pilote est un bien qui n'est pas destiné à être mis sur le marché mais à servir de modèle.

Le guide ministériel précise que seules les innovations de produit sont visées, que la nouveauté s'apprécie par rapport à l'offre existante sur le marché considéré au début des travaux, et que l'amélioration des performances doit être sensible. Un produit nouveau pour la seule entreprise, mais non pour le marché, n'entre pas dans le dispositif.

Le même guide cite, à titre d'exemples non exhaustifs d'activités non éligibles, les études d'adaptation aux changements de style ou de mode, les études de marché, la mise au point d'outillages de production en série et l'achat de produits concurrents. Le design correspondant à un simple changement d'apparence n'est en principe pas éligible.

Pour les opérations de recherche, le II de l'article 244 quater B retient notamment les catégories suivantes :

• les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l'état neuf et affectées directement à la recherche, y compris les prototypes et installations pilotes ;
• les dépenses de personnel des chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés à ces opérations, et les rémunérations supplémentaires des salariés auteurs d'une invention ;
• les autres dépenses de fonctionnement, fixées forfaitairement à 75 % des dotations aux amortissements et à 40 % des dépenses de personnel ;
• les opérations confiées à des organismes ou experts agréés, dans les limites fixées par le texte ;
• certaines dépenses de normalisation et, jusqu'au 31 décembre 2027, les dépenses d'élaboration de nouvelles collections du secteur textile-habillement-cuir ;
• pour le volet innovation : les amortissements et dépenses de personnel affectés à la conception des prototypes ou installations pilotes, certains frais de brevets, de certificats d'obtention végétale et de dessins et modèles et leurs frais de défense, et les opérations confiées à des entreprises ou bureaux d'études et d'ingénierie agréés.

Dans la version de l'article 244 quater B en vigueur depuis le 1er janvier 2026 (issue de la loi n° 2026-103 du 19 février 2026), le taux du crédit d'impôt est de 30 % pour la fraction des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 millions d'euros et de 5 % au-delà. Le taux de 30 % est porté à 50 % pour les dépenses exposées dans des exploitations situées dans un département d'outre-mer.

Pour les dépenses d'innovation du k du II, le taux est de 20 %, porté à 60 % dans les départements d'outre-mer ; en Corse, il est de 35 % pour les moyennes entreprises et de 40 % pour les petites entreprises. Les dépenses sont retenues dans la limite globale de 400 000 euros par an. Selon la doctrine publiée le 13 août 2025, ce plafond s'applique une seule fois par an, quel que soit le nombre de prototypes, et le crédit maximal est de 80 000 euros au taux de 20 %.

Le taux de 20 % résulte de la loi n° 2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025, qui l'a abaissé depuis 30 % ; la date exacte à partir de laquelle les dépenses relèvent du nouveau taux est présentée différemment selon les pages de l'administration, et doit être vérifiée dans la doctrine en vigueur pour l'exercice concerné.

Les subventions publiques reçues pour les opérations ouvrant droit au crédit sont déduites de la base de calcul, qu'elles soient définitivement acquises ou remboursables. Les dépenses de prestations de conseil liées au crédit d'impôt sont également déduites dans les conditions fixées au III de l'article.

Le crédit d'impôt en faveur de la recherche collaborative (article 244 quater B bis) est calculé au taux de 40 %, porté à 50 % pour les PME, sur les sommes facturées dans le cadre de contrats conclus jusqu'au 31 décembre 2028, retenues dans la limite de 6 millions d'euros par an.

Le crédit est déterminé sur la déclaration spéciale n° 2069-A-SD, prévue par l'article 49 septies M de l'annexe III au CGI. Le site impots.gouv.fr met à disposition les millésimes 2024 à 2026 du formulaire, de ses annexes 2069-A-1-SD, 2069-A-2-SD et 2069-A-3-SD et de la notice.

Les sociétés soumises à l'impôt sur les sociétés la déposent dans les mêmes délais que le relevé de solde n° 2572-SD ; les autres entreprises, dans le délai de la déclaration annuelle de résultats. Dans un groupe fiscalement intégré, la société mère dépose les déclarations pour le groupe. Le montant du crédit est reporté sur la déclaration 2069-RCI-SD et, pour les entreprises relevant de l'impôt sur le revenu, sur la 2042 C-PRO.

Ces formulaires sont transmis par voie dématérialisée (procédure EDI-TDFC) ; l'envoi d'une copie au ministère chargé de la recherche n'est plus nécessaire.

Lorsque les dépenses de recherche dépassent 10 millions d'euros, l'état annexe 2069-A-1-SD est également produit : entre 10 et 100 millions d'euros, il porte sur la part de docteurs financés ou recrutés, les équivalents temps plein et leur rémunération moyenne ; au-delà de 100 millions d'euros, il décrit aussi les travaux en cours, leur avancement, les moyens mis en œuvre et leur localisation. La liste des organismes sous-traitants est fournie sur le formulaire 2069-A-2-SD.

Le crédit s'impute sur l'impôt sur le revenu (article 199 ter B) ou sur l'impôt sur les sociétés (article 220 B, qui renvoie aux conditions de l'article 199 ter B) dû au titre de l'année au cours de laquelle les dépenses ont été exposées. L'excédent constitue une créance sur l'État, utilisable pour le paiement de l'impôt des trois années suivantes ; la fraction non utilisée à l'issue de cette période est remboursée.

La créance est inaliénable et incessible, sauf dans les cas prévus par le Code monétaire et financier (articles L214-169 à L214-190 et L313-23 à L313-35). En cas de fusion ou d'opération assimilée, la créance non utilisée est transférée à la société bénéficiaire.

L'article 199 ter B prévoit un remboursement immédiat de la créance pour :

• les entreprises créées depuis le 1er janvier 2004 dont le capital est détenu pour 50 % au moins par des personnes physiques ou certaines entités, au titre de l'année de création et des quatre années suivantes ;
• les entreprises faisant l'objet d'une procédure de conciliation, de sauvegarde, de redressement ou de liquidation judiciaires, à compter de la date du jugement ou de la décision d'ouverture ;
• les jeunes entreprises innovantes mentionnées à l'article 44 sexies-0 A du CGI ;
• les PME au sens de l'annexe I du règlement (UE) n° 651/2014.

Le 3° de l'article L80 B du Livre des procédures fiscales permet à un contribuable de bonne foi de demander à l'administration de se prononcer sur l'éligibilité de son projet de recherche aux articles 244 quater B et 244 quater B bis. La demande, écrite, précise et complète, est déposée au moins six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration spéciale (pour un projet pluriannuel, avant la première déclaration). À défaut de réponse motivée dans un délai de trois mois, l'administration ne peut plus contester l'éligibilité du projet.

L'administration peut solliciter l'avis des services du ministre chargé de la recherche. Le 3° bis du même article organise une demande portant sur le caractère scientifique et technique du projet adressée à ces services, dans des délais comparables.

Pour le volet innovation, le guide ministériel indique que la demande est adressée à l'administration fiscale, qui interroge la DRIEETS sur la nature innovante des travaux. Chaque demande porte sur un seul projet, et le rescrit ne couvre que l'éligibilité : il n'exclut pas un contrôle des éléments comptables de la déclaration.

Les dépenses confiées à des organismes de recherche privés ou à des experts scientifiques ou techniques ne sont retenues que s'ils sont agréés par le ministre chargé de la recherche, selon des modalités fixées par décret (d bis du II de l'article 244 quater B). Pour un organisme établi dans un autre État de l'Union ou de l'Espace économique européen, l'agrément peut être délivré par l'entité équivalente de cet État. Ces dépenses sont retenues dans la limite de trois fois le montant des autres dépenses de recherche éligibles, et dans des plafonds annuels fixés par le texte.

Selon l'article 49 septies H de l'annexe III, l'agrément est délivré au vu d'un dossier établissant que le demandeur a réalisé, au cours de l'année précédente, des opérations de recherche sous sa responsabilité et avec ses propres moyens. Le guide ministériel précise que l'agrément est accordé pour une durée déterminée, par année civile entière, que la liste des prestataires agréés est publiée en données ouvertes par le ministère, sauf opposition des intéressés, et que les dépenses sous-traitées à un organisme non agréé sont exclues de l'assiette.

Pour le volet innovation, les entreprises et bureaux d'études et d'ingénierie sont agréés par le ministre chargé de la recherche lorsque des opérations de recherche leur sont aussi confiées, et à défaut par le ministre chargé de l'industrie (article 49 septies I quinquies de l'annexe III).

Le droit de reprise de l'administration s'exerce jusqu'au 31 décembre de la troisième année suivant celle du dépôt de la déclaration spéciale (article L172 G du LPF, cité par la doctrine) : pour un crédit au titre de l'année N déclaré en N+1, la reprise est possible jusqu'au 31 décembre N+4.

La réalité de l'affectation des dépenses à la recherche peut être vérifiée par des agents du ministère chargé de la recherche (article L45 B du LPF, selon la procédure de l'article R45 B-1). La doctrine décrit une demande de justificatifs avec un délai de réponse de trente jours, prorogeable une fois, puis le cas échéant une visite sur place ; seule l'administration fiscale peut toutefois proposer une rectification, qui doit exposer en clair les éléments retenus. Le comité consultatif prévu à l'article 1653 F du CGI peut être saisi dans les trente jours suivant la réponse de l'administration aux observations du contribuable.

Pour le volet innovation, le guide ministériel indique que l'administration peut s'adresser au ministère chargé de l'industrie ou à la DRIEETS, dont l'avis porte uniquement sur les critères d'innovation.

Les entreprises créées depuis moins de deux ans qui demandent un remboursement immédiat joignent des pièces établissant la réalité de leur activité. Le guide ministériel recommande de constituer un dossier justificatif, remis à l'administration à sa demande, présentant les travaux par opération de recherche, avec l'état de l'art, les verrous, la démarche suivie et les résultats, et met à disposition un modèle de dossier. L'absence de dépôt de l'état 2069-A-1-SD, ou ses omissions et inexactitudes, sont passibles d'une amende prévue à l'article 1729 B du CGI.