| SYNDICAT JEUNES AGRICULTEURS MAICHEÉtablissement 00011 | 923 792 261 | Frambouhans | 9 juin 2023 | — | Active |
| SYNDICAT DES JEUNES AGRICULTEURS DU DOUBSÉtablissement 00016 | 923 832 349 | Besançon | 22 avril 2022 | — | Active |
| SYNDICAT JEUNES AGRICULTEURS PIERREFONTAINE-LE- VARANSÉtablissement 00016 | 923 880 199 | Pierrefontaine-les-Varans | 20 janvier 2023 | — | Active |
| SYNDICAT JEUNES AGRICULTEURS LE RUSSEYÉtablissement 00010 | 923 880 215 | Le Russey | 18 février 2022 | — | Active |
| SYNDICAT JEUNES AGRICULTEURS AMANCEYÉtablissement 00014 | 923 880 223 | Amancey | 9 avril 2022 | — | Active |
| SYNDICAT JEUNES AGRICULTEURS AUDEUXÉtablissement 00017 | 923 880 231 | Audeux | 18 février 2022 | — | Active |
| SYNDICAT JEUNES AGRICULTEURS DE ISLE-SUR-LE-DOUBSÉtablissement 00014 | 923 880 256 | L'Isle-sur-le-Doubs | 21 février 2022 | — | Active |
| SYNDICAT JEUNES AGRICULTEURS LEVIERÉtablissement 00018 | 923 880 264 | Levier | 19 février 2022 | — | Active |
| ASSOCIATION SOCIOCHAUXÉtablissement 00019 | 923 986 731 | Sochaux | 28 avril 2019 | 1 ou 2 salariés | Active |
| SYNDICAT DES JEUNES AGRICULTEURS DE ROULANS/BOUCLANSÉtablissement 00014 | 924 096 175 | Naisey-les-Granges | 28 septembre 1961 | — | Active |
| SYNDICAT DES JEUNES AGRICULTEURS DU CANTON DE MORTEAUÉtablissement 00016 | 924 215 163 | Morteau | 10 mars 2022 | — | Active |
| JEUNES AGRICULTEURS BAUMES-LES-DAMESÉtablissement 00014 | 930 170 055 | Vellevans | 31 mai 2024 | — | Active |
| JEUNES AGRICULTEURS ORNANSÉtablissement 00013 | 930 387 121 | Tarcenay-Foucherans | 10 février 2024 | — | Active |
| JEUNES AGRICULTEURS DE ROUGEMONTÉtablissement 00017 | 930 568 662 | Tressandans | 16 janvier 2024 | — | Active |
| SYNDICAT DES JEUNES AGRICULTEURS DE SAINT HIPPOLYTEÉtablissement 00012 | 930 782 396 | Saint-Hippolyte | 20 janvier 2024 | — | Active |
| SYNDICAT REGIONAL DES VETERINAIRES D'EXERCICE LIBERAL DE LA REGION BOURGOGNE FRANCHE COMTEÉtablissement 00010 | 930 851 159 | Frasne | 3 novembre 2020 | — | Active |
| JEUNES AGRICULTEURS DE CLERVALÉtablissement 00018 | 930 929 526 | Pays-de-Clerval | 16 février 2024 | — | Active |
| SYNDICAT DES JEUNES AGRICULTEURS DE PONTARLIERÉtablissement 00012 | 931 478 168 | Pontarlier | 23 juillet 2024 | — | Active |
| SAILED COOPÉtablissement 00011 | 933 643 751 | Fontaine-lès-Clerval | 1er octobre 2024 | — | Active |
| JEUNES AGRICULTEURS DE QUINGEYÉtablissement 00012 | 941 969 024 | Quingey | 28 janvier 2025 | — | Active |
| EPICERIE PAYSANNE ITINERANTEÉtablissement 00016 | 944 265 289 | Uzelle | 1er mai 2025 | — | Active |
| FESTI'VAL DE LA MORTEAUÉtablissement 00015 | 985 391 242 | Morteau | 26 février 2024 | — | Active |
| JEUNES AGRICULTEURS DE VERCELÉtablissement 00012 | 988 381 307 | Vercel-Villedieu-le-Camp | 12 mars 2024 | — | Active |
| JEUNES AGRICULTEURS DE BELLEHERBEÉtablissement 00017 | 989 005 590 | Belleherbe | 7 avril 2022 | — | Active |
| FEDERATION REGIONALE DE L'HOTELLERIE DE PLEIN AIR BOURGOGNE FRANCHE-COMTE (F.R.H.P.A.B.FC)Établissement 00018 | 101 476 331 | Ornans | 6 décembre 2017 | — | Active |
| MAICHE EN VIEÉtablissement 00016 | 101 756 021 | Maîche | 11 mai 2017 | — | Active |
| BIEN COMMENCERÉtablissement 00011 | 103 288 379 | École-Valentin | 26 janvier 2026 | — | Active |
| ASSOCIATION DES ARTISANS COMMERCANTS ET ENTREPRENEURS DE MONTENOISÉtablissement 00017 | 103 486 908 | Montenois | 25 juin 2025 | — | Active |
| VERDIR BOURGOGNE FRANCHE COMTEÉtablissement 00018 | 103 633 616 | École-Valentin | 27 novembre 2024 | — | Active |
| LIGUE FRANCO-AFRICAINE CONTRE LES AVC (LFACAVC)Établissement 00015 | 104 055 876 | Besançon | 14 mars 2026 | — | Active |
| EPICERIE COOPERATIVE QUINGEYÉtablissement 00010 | 105 215 404 | Paroy | 19 mai 2026 | — | Active |
| EQUIPE DE SOINS PRIMAIRES (ESP) DU PAYS DE CLERVALÉtablissement 00018 | 105 974 976 | Pays-de-Clerval | 11 avril 2022 | — | Active |
| ASSOCIATION DE LA MAISON DE SANTE PLURIPROFESSIONNELLE DE THISEÉtablissement 00014 | 106 986 391 | Thise | 30 juin 2026 | — | Active |
| GEDA DE ROUGEMONTÉtablissement 00018 | 107 716 706 | Rougemont | 12 juillet 2013 | — | Active |
| COMICE DE QUINGEYÉtablissement 00014 | 109 931 857 | Myon | 9 septembre 2026 | — | Active |
| UNION DES COMMERCANTS ET ENTREPRENEURS DU PLATEAU D'AMANCEYÉtablissement 00012 | 130 627 219 | Amancey | 14 mai 2026 | — | Active |
| ASSOCIATION NATIONALE DU CHEVAL DE TRAIT COMTOISÉtablissement 00031 | 307 845 982 | Vercel-Villedieu-le-Camp | — | 1 ou 2 salariés | Active |
| ENERGY CITIES / ENERGIE-CITESÉtablissement 00020 | 379 716 764 | Besançon | 15 octobre 1990 | 20 à 49 salariés | Active |
| SYNDICAT INTERPROFESSIONNEL DE DEFENSE DU SYNDICAT DU MONT D'ORÉtablissement 00057 | 384 377 776 | Houtaud | 13 décembre 1991 | — | Active |
| ASS DIRECTEURS INFORMATION ORIENTATIONÉtablissement 00014 | 391 320 991 | Besançon | 6 janvier 1993 | — | Active |
| UNION DE COOPERATIVES DES HAUTS PLATEAUXÉtablissement 00012 | 392 267 936 | Bannans | 1er août 1993 | — | Active |
| FEDERATION ASS DE COMMERCANTS DU DOUBSÉtablissement 00022 | 393 032 149 | Besançon | 21 octobre 1993 | — | Active |
| CONSEIL REGIONAL DE L'ORDRE VETERINAIRESÉtablissement 00017 | 394 529 986 | Besançon | 2 novembre 1993 | — | Active |
| FEDER NLE SYNDIC ENTREPR TRAVAUX FORESTIÉtablissement 00024 | 402 926 190 | Dampierre-les-Bois | 23 mars 1994 | — | Active |
| INTERSYNDICALE BIOLOGISTES DE F.COMTEÉtablissement 00016 | 403 141 179 | Besançon | 28 novembre 1995 | — | Active |
| ASS DES COMMERCANTS ET ARTISANS DE SAONEÉtablissement 00018 | 407 553 056 | Saône | 6 avril 1996 | — | Active |
| MONTBELIARDE ASSOCIATIONÉtablissement 00031 | 411 523 806 | Roulans | 24 mars 1997 | 10 à 19 salariés | Active |
| CHBRE SYND NEGOCI COMBUSTIBLE CARBURANTÉtablissement 00025 | 412 487 712 | Saint-Vit | 10 avril 1997 | — | Active |
| INTERPORC FRANCHE-COMTEÉtablissement 00017 | 418 278 057 | École-Valentin | 1er janvier 1998 | 6 à 9 salariés | Active |
| ASS MAISON ARCHITECTURE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00016 | 418 882 759 | Besançon | 22 avril 1998 | 1 ou 2 salariés | Active |