| CONFEDERATION PAYSANNE DU DOUBS ET DU TERRITOIRE DE BELFORTÉtablissement 00032 | 421 304 742 | Étalans | 1er décembre 1998 | 1 ou 2 salariés | Active |
| CONFEDERATION GEN ALIMENTATION DETAILÉtablissement 00027 | 421 724 162 | Besançon | 1er janvier 1987 | — | Active |
| CHAMBRE SYNDICALE RGALE IMMOBILIER F CÉtablissement 00028 | 424 925 402 | Besançon | 1er janvier 1980 | 1 ou 2 salariés | Active |
| FEDER.REGION.DEFENSE CONTRE ORGANIS.NUISÉtablissement 00033 | 428 602 734 | École-Valentin | 21 juin 1999 | 20 à 49 salariés | Active |
| FED NAT ASS DPT INTERDPT AGR PECHEUR PROÉtablissement 00019 | 428 974 422 | Colombier-Fontaine | 8 mai 1999 | — | Active |
| ASSOCIATION TOURISME VERT ET BLANCÉtablissement 00010 | 432 456 317 | Chapelle-des-Bois | 28 avril 1986 | — | Active |
| FRANC-COMTOISE COMMERCANTS BESTIAUXÉtablissement 00016 | 433 130 952 | École-Valentin | 1er janvier 1999 | — | Active |
| FED NALE ASSOC RETRAITES ARTISANAT 25Établissement 00019 | 435 025 952 | Besançon | 29 novembre 1993 | — | Active |
| ORDRE AVOCATS AU BARREAU DE MONTBELIARDÉtablissement 00010 | 437 839 962 | Montbéliard | 1er janvier 1972 | 1 ou 2 salariés | Active |
| FRSEA BOURGOGNE FRANCHE COMTEÉtablissement 00010 | 442 375 820 | Besançon | 2 juin 1997 | 6 à 9 salariés | Active |
| DIRIGEANTS COMMERCIAUX DE FRANCEÉtablissement 00013 | 445 365 307 | Besançon | 3 mars 1999 | — | Active |
| SECTION LOC SYND. ELEVAGE CHEVAL COMTOISÉtablissement 00018 | 447 722 646 | Nancray | 1er janvier 1996 | — | Active |
| SYNDICAT PASTORAL DE AMATHAY VESIGNEUXÉtablissement 00013 | 449 571 389 | Amathay-Vésigneux | 13 novembre 2002 | — | Active |
| SYNDICAT PASTORAL D'AMANCEYÉtablissement 00014 | 449 571 421 | Amancey | 1er janvier 1980 | — | Active |
| SYNDICAT PASTORALE DE FRAMBOUHANSÉtablissement 00018 | 449 571 462 | Frambouhans | 1er janvier 1980 | — | Active |
| SYND PASTORAL DE GRANFONTAINE SUR CREUSEÉtablissement 00015 | 449 571 538 | Grandfontaine-sur-Creuse | 1er janvier 1980 | — | Active |
| FEDERATION NATIONALE DE REVISION DES COOPERATIVES AGRICOLESÉtablissement 00095 | 480 362 987 | Serre-les-Sapins | 1er janvier 2005 | 20 à 49 salariés | Active |
| ENTREPR. TERRITOIRES FRANCHE COMTEÉtablissement 00014 | 481 167 229 | Besançon | 9 novembre 2004 | — | Active |
| COMPTOIR DES BOULANGERS DU DOUBSÉtablissement 00021 | 484 112 362 | Besançon | 12 mars 2002 | — | Active |
| OFFICE DE COMMERCE DE BESANCONÉtablissement 00028 | 485 169 056 | Besançon | 10 juin 2005 | 3 à 5 salariés | Active |
| CONSEIL NATIONAL DE L'ORDRE DES MASSEURS KINESITHERAPEUTESÉtablissement 00141 | 493 355 754 | Besançon | 5 juillet 2006 | 20 à 49 salariés | Active |
| FORESTIERS PRIVES DE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00019 | 495 244 824 | Besançon | 1er janvier 2007 | 1 ou 2 salariés | Active |
| CONSEIL DEPARTEMENTAL DE L'ORDRE DES KINESITHERAPEUTES DU DOUBSÉtablissement 00027 | 500 870 696 | Besançon | 29 juin 2006 | 1 ou 2 salariés | Active |
| COMITE INTERPROFESSIONNEL DE PROMOTION DES BOIS DU JURA AOC (CIPBJ)Établissement 00013 | 510 696 925 | Besançon | 18 octobre 2005 | 1 ou 2 salariés | Active |
| SYNDICAT DES ORTHOPHONISTES REGIONS BOURGOGNE FR-COMTEÉtablissement 00013 | 513 290 692 | Seloncourt | 1er septembre 2007 | — | Active |
| SYNDICAT DES PHARMACIES ET DES PHARMACIENS DU DOUBSÉtablissement 00017 | 520 547 787 | Besançon | 15 février 2010 | — | Active |
| COLLEGE FRANC-COMTOIS DE MEDECINE D'URGENCE (CFCMU)Établissement 00024 | 521 332 908 | Besançon | 22 décembre 2008 | — | Active |
| CONSEIL REGIONAL ORDRE DES CHIRURGIENS DENTISTES FRANCHE COMTEÉtablissement 00019 | 525 170 783 | Besançon | 1er septembre 2010 | — | Active |
| SYNDICAT DES AQUACULTEURS DE FRANCHE COMTE BOURGOGNEÉtablissement 00021 | 528 827 611 | Jougne | 18 juin 2005 | — | Active |
| FEDER DES SYND PHARMACEUTIQUES DE LA REGION FRANCHE COMTEÉtablissement 00016 | 528 854 151 | Besançon | 17 novembre 2010 | — | Active |
| DES PROFESSIONNELS DE SANTE DU VAL DE MOUTHEÉtablissement 00017 | 537 475 626 | Mouthe | 1er septembre 2009 | — | Active |
| COLLEGE REGIONAL DES SYNDICATS MEDICAUX DE FRANCHE COMTEÉtablissement 00012 | 753 090 190 | Besançon | 13 avril 2012 | 1 ou 2 salariés | Active |
| CONSEIL DEPART DOUBS ORDRE DES MEDECINSÉtablissement 00030 | 778 290 064 | Besançon | — | 6 à 9 salariés | Active |
| ORDRE DES AVOCATS DU BARREAU DE BESANCONÉtablissement 00013 | 778 295 444 | Besançon | — | 1 ou 2 salariés | Active |
| UN SYND BATIM ET BOIS DU DOUBSÉtablissement 00015 | 778 296 715 | Besançon | — | — | Active |
| UNION PATRONALE DES COIFFEURS DU DOUBSÉtablissement 00027 | 778 296 780 | Besançon | 1er juillet 1985 | — | Active |
| CONSEIL ELEVAGE 25-90Établissement 00020 | 778 297 085 | Roulans | — | 100 à 199 salariés | Active |
| FEDERATION DES TAXIS DU DOUBSÉtablissement 00024 | 792 303 810 | Les Auxons | 31 janvier 2013 | — | Active |
| GROUPEMENT REGIONAL DES AGROBIOLOGISTES DE FRANCHE COMTE (GRAB FC)Établissement 00012 | 793 943 135 | Besançon | 27 mars 2012 | — | Active |
| SYNDICAT PASTORAL DE OYE ET PALLETÉtablissement 00013 | 801 115 155 | Oye-et-Pallet | 1er avril 2008 | — | Active |
| ASSOCIATION DE GESTION DU FONCTIONNEMENT DE LA DELEGATION REGIONALE DE L'ENSEIGNEMENT AGRICOLE PRIVE EST FRANCEÉtablissement 00025 | 803 676 147 | Besançon | 24 février 2010 | — | Active |
| CONSEIL INTERDEPARTEMENTAL DE L ORDRE DES INFIRMIERS COMTOISÉtablissement 00010 | 808 212 971 | Besançon | 31 octobre 2014 | — | Active |
| UNION FEDERALE DES ASSISTANTES DENTAIRESÉtablissement 00031 | 810 573 204 | Besançon | 31 janvier 2011 | — | Active |
| CHAMBRE INTERDEPARTEMENTALE DES NOTAIRES DE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00018 | 810 607 721 | Besançon | 11 mars 2015 | 6 à 9 salariés | Active |
| URPS MEDECINS LIBERAUX DE BOURGOGNE FRANCHE COMTEÉtablissement 00028 | 817 963 689 | Besançon | 1er janvier 2016 | 6 à 9 salariés | Active |
| FEDERATION TERRITORIALE DES MAISONS FAMILIALES RURALES DE CENTRE SUD DE BOURGOGNE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00038 | 831 017 173 | Morre | 30 juin 2017 | 1 ou 2 salariés | Active |
| CONSEIL REGIONAL DE L ORDRE DES ARCHITECTES BOURGOGNE FRANCHE COMTEÉtablissement 00027 | 833 957 475 | Besançon | 24 octobre 2017 | 3 à 5 salariés | Active |
| LA BOUTIQUE DES CREATEURSÉtablissement 00012 | 848 280 194 | Besançon | 14 septembre 2018 | — | Active |
| ATLAS SOUTENIR LES COMPETENCESÉtablissement 00157 | 851 296 632 | Besançon | 28 février 2019 | 250 à 499 salariés | Active |
| MORTEAU VOTRE VILLEÉtablissement 00010 | 851 500 207 | Les Fins | 19 septembre 2014 | 1 ou 2 salariés | Active |