| SOCIETE FRANC-COMTOISE DE MEDECINE DE L'EXERCICE ET DU SPORTÉtablissement 00015 | 878 644 525 | Besançon | 3 avril 2019 | — | Active |
| GROUPEMENT DES AGRICULTEURS BIOLOGISTES DU DOUBS ET DU TERRITOIRE DE BELFORTÉtablissement 00017 | 878 804 004 | École-Valentin | 29 juillet 2019 | — | Active |
| ASSOCIATION FEMMES D'AUJOURD'HUIÉtablissement 00025 | 880 464 979 | Sainte-Suzanne | 3 décembre 2019 | — | Active |
| SOCIETE COLLEGIALE DE PSYCHIATRIE DE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00014 | 881 555 395 | Besançon | 22 octobre 1996 | — | Active |
| UNYON NOUVELLE YISE OYE NATHAN COMMERCIALE ARTISANALE ET INDUSTRIELLEÉtablissement 00016 | 881 567 986 | Valdahon | 7 mai 1987 | — | Active |
| CULTURE HOUBLONÉtablissement 00012 | 882 207 202 | Montbéliard | 22 mars 2011 | — | Active |
| ASSOCIATION AVENIR SANTEÉtablissement 00013 | 889 015 525 | Pont-de-Roide-Vermondans | 16 septembre 2019 | — | Active |
| FORUM DU CHAMP LACANIEN DE BOURGOGNE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00025 | 890 321 763 | Besançon | 6 décembre 1999 | — | Active |
| LA POMMEEÉtablissement 00017 | 891 286 056 | Amancey | 21 mars 2008 | — | Active |
| ASSOCIATION DES PSYCHOLOGUES DE FRANCHE-COMTE (A.P.F.C.)Établissement 00013 | 893 011 726 | Besançon | 18 décembre 1995 | — | Active |
| ASSOCIATION POUR L'INFORMATION ET LA PROMOTION DES METIERS DE L'INDUSTRIE DE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00017 | 894 054 063 | Besançon | 9 décembre 2020 | — | Active |
| COMMUNAUTE PROFESSIONNELLE TERRITORIALE DE SANTE DE BESANCON METROPOLE (CPTS BM)Établissement 00010 | 894 913 953 | Besançon | 9 février 2021 | — | Active |
| ASSOCIATION DOUBS'TEOÉtablissement 00011 | 895 224 830 | Rigney | 13 mars 2019 | — | Active |
| CPTS DU PAYS HORLOGERÉtablissement 00015 | 898 760 137 | Morteau | 22 février 2021 | 0 salarié | Active |
| LES PT'HIBOUXÉtablissement 00010 | 907 579 130 | Pierrefontaine-les-Varans | 29 septembre 2020 | — | Active |
| ASSOCIATION FRANC-COMTOISE DE PSYCHOMOTRICITEÉtablissement 00019 | 908 961 972 | Besançon | 6 octobre 1982 | — | Active |
| COMICE DE MONTPERREUX 2020Établissement 00015 | 910 407 063 | Montperreux | 7 janvier 2020 | — | Active |
| ASSOCIATION DE LA MAISON DE SANTE DE QUINGEYÉtablissement 00012 | 913 602 322 | Quingey | 7 mai 2021 | — | Active |
| LE COLLECTIF VITRINES REGIONALES DES METIERS D'ARTÉtablissement 00018 | 920 312 162 | Besançon | 24 janvier 2020 | — | Active |
| ASSOCIATION DE KINESITHERAPIE PEDIATRIQUE BOURGOGNE-FRANCHE-COMTE (AKPBFC)Établissement 00019 | 920 675 162 | Saône | 14 octobre 2020 | — | Active |
| CONFRERIE DES ESCARGOTIERS DU PRINCE (DE MONTBELIARD)Établissement 00013 | 920 803 558 | Montbéliard | 20 juin 2022 | — | Active |
| SYNDICAT CANTONAL DES JEUNES AGRICULTEURS DE MONTBENOITÉtablissement 00014 | 923 409 403 | Pays-de-Montbenoît | 21 février 2022 | — | Active |
| COMPAGNIE DES COMMISSAIRES ENQUETEURS DE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00025 | 923 446 215 | Chemaudin et Vaux | 14 février 1992 | — | Active |
| ASSOCIATION DE LA MSP D'AVOUDREYÉtablissement 00019 | 923 487 771 | Avoudrey | 9 mars 2022 | — | Active |
| ASSOCIATION ADEMADEÉtablissement 00018 | 923 517 189 | Besançon | 27 février 2023 | — | Active |
| COMICE DE SAINT-HIPPOLYTEÉtablissement 00010 | 923 844 500 | Fleurey | 7 juillet 2023 | — | Active |
| RESEAU DES INFIRMIERS EN PRATIQUE AVANCEE DE BOURGOGNE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00014 | 924 275 407 | Besançon | 1er mars 2022 | — | Active |
| ASSOCIATION DES COMMERCANTS ET ARTISANS DE PONT DE ROIDE -VERMONDANSÉtablissement 00013 | 924 597 248 | Pont-de-Roide-Vermondans | 10 janvier 2024 | — | Active |
| FEDERATION DES TAXIS 90Établissement 00013 | 924 722 978 | Raynans | 20 juillet 2021 | — | Active |
| COMICE DE MOUTHE 2024Établissement 00015 | 924 977 978 | Mouthe | 31 janvier 2024 | — | Active |
| UNION REGIONALE DES ORGANISMES DE FORMATION EN BOURGOGNE-FRANCHE-COMTE (UROF BFC)Établissement 00019 | 927 539 775 | Besançon | 12 décembre 2023 | — | Active |
| LES PROFESSIONNELS DE LA SANTE DE SAINT-HIPP' (PSSH)Établissement 00018 | 928 818 988 | Saint-Hippolyte | 16 avril 2024 | — | Active |
| BLACK DOOR GAMESÉtablissement 00016 | 930 054 168 | Besançon | 2 mars 2023 | — | Active |
| SOCIETALE DES RETRAITES DE PONTARLIERÉtablissement 00014 | 930 743 554 | Pontarlier | 2 mai 2006 | — | Active |
| FEDERATION REGIONALE DE LA BOULANGERIE ET BOULANGERIE-PATISSERIE DE BOURGOGNE-FRANCHE-COMTEÉtablissement 00011 | 930 784 517 | Besançon | 30 juin 2016 | — | Active |
| MSP DE LA VILLEDIEUÉtablissement 00011 | 933 522 971 | Vercel-Villedieu-le-Camp | 26 janvier 2024 | — | Active |
| ASSOCIATION DES COMMERCANTS ET ARTISANS DE MATHAY (ACAM)Établissement 00012 | 937 985 810 | Mathay | 15 décembre 2009 | — | Active |
| ASSOCIATION DES AUDIENCIERS DE LA COUR D'APPEL DE BESANCONÉtablissement 00011 | 938 788 239 | Besançon | 1er janvier 2025 | — | Active |
| SANT'INNOVATIONÉtablissement 00014 | 939 597 746 | Besançon | 1er janvier 2025 | — | Active |
| BUSINESS CONNECTE MULTICULTUREL (BCM)Établissement 00017 | 940 265 853 | Montbéliard | 8 janvier 2025 | — | Active |
| AMICALE DES SAPEURS POMPIERS DE FRASNEÉtablissement 00014 | 940 645 195 | Frasne | 2 janvier 1978 | — | Active |
| LA MAISON DE SANTE DE LA REVEROTTEÉtablissement 00010 | 942 176 660 | Pierrefontaine-les-Varans | 17 juillet 2023 | — | Active |
| STE COOP.AGRICOLE PASTORALE DE LA CHAUXÉtablissement 00018 | 950 050 286 | La Chaux | — | — | Active |
| FRANCE BROKERÉtablissement 00014 | 985 333 889 | Besançon | 13 février 2024 | — | Active |
| ASSOCIATION DES NEUROPSYCHOLOGUES DE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00013 | 988 896 320 | Besançon | 30 juillet 2015 | — | Active |
| SOCIETE EST DE RECHERCHE ET D'ECOUTE PSYCHANALYTIQUE DE LA FAMILLE (S.E.R.E.P.F.)Établissement 00012 | 989 735 204 | Besançon | 27 septembre 2002 | — | Active |
| L UNION DES COMMERCANTS ET DES ARTISANS DE SAONEÉtablissement 00018 | 991 354 770 | Saône | 18 juillet 2025 | — | Active |
| MAISON DE SANTE APPULIENNEÉtablissement 00010 | 992 039 784 | Pouilley-les-Vignes | 30 septembre 2025 | — | Active |
| AMICALOUEÉtablissement 00018 | 994 449 346 | Quingey | 21 février 2025 | — | Active |
| POINT BARREÉtablissement 00011 | 130 911 415 | Besançon | 6 septembre 2026 | — | Active |