| UNION DES ARTISANS PATISSIERS CHOCOLATIERS GLACIERS TRAITEURS DU DOUBSÉtablissement 00017 | 523 278 174 | Besançon | 12 juin 2009 | — | Active |
| UNION REGIONALE DE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00010 | 523 422 863 | Besançon | 10 décembre 2009 | — | Active |
| OTRE FRANCHE-COMTE BOURGOGNEÉtablissement 00017 | 530 703 230 | Besançon | 5 juin 2010 | 1 ou 2 salariés | Active |
| FEDERATION NATIONALE TRANSPORTS DE VOYAGEURS - FNTV FR COMTEÉtablissement 00010 | 531 044 873 | Miserey-Salines | 5 octobre 2010 | — | Active |
| UNION DES INDUSTRIES DES METIERS DE LA METALLURGIE DE FRANCHE COMTEÉtablissement 00017 | 533 335 758 | Besançon | 1er janvier 2011 | 10 à 19 salariés | Active |
| UNION DES INDUSTRIES DES METIERS DE LA METALLURGIE DE FRANCHE COMTEÉtablissement 00025 | 533 335 758 | Exincourt | 1er janvier 2011 | 10 à 19 salariés | Active |
| UNION PROFESSIONNELLE ARTISANALE DE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00022 | 749 992 871 | Besançon | 30 janvier 2012 | — | Active |
| FEDERATION BATIMENT ET T.P. DU DOUBSÉtablissement 00028 | 775 571 243 | École-Valentin | — | 3 à 5 salariés | Active |
| SERVICE DE PREVENTION ET DE SANTE AU TRAVAIL INTERENTREPRISES DU BTP DE BOURGOGNE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00049 | 775 571 250 | Besançon | — | 50 à 99 salariés | Active |
| SERVICE DE PREVENTION ET DE SANTE AU TRAVAIL INTERENTREPRISES DU BTP DE BOURGOGNE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00122 | 775 571 250 | Pontarlier | — | 50 à 99 salariés | Active |
| SERVICE DE PREVENTION ET DE SANTE AU TRAVAIL INTERENTREPRISES DU BTP DE BOURGOGNE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00130 | 775 571 250 | Montbéliard | — | 50 à 99 salariés | Active |
| COMITE FRANCECLATÉtablissement 00041 | 775 571 268 | Besançon | — | 20 à 49 salariés | Active |
| FEDER BATIMENT REGION BOURGOGNÉtablissement 00047 | 778 213 108 | École-Valentin | — | 6 à 9 salariés | Active |
| ORDRE NATIONAL DENTISTEÉtablissement 00035 | 778 292 094 | Besançon | — | 1 ou 2 salariés | Active |
| CHAMBRE SYND PHARMACIENS DOUBSÉtablissement 00046 | 778 296 608 | Besançon | 16 août 1984 | — | Active |
| UNION PATRONALE DE LA BOULANGERIEÉtablissement 00031 | 778 296 616 | Besançon | — | 1 ou 2 salariés | Active |
| UNION DES INDUSTRIES ET METIERS DE LA METALLURGIE DU DOUBSÉtablissement 00043 | 778 296 624 | Besançon | 24 septembre 1985 | — | Active |
| SYNDICAT CHIRURGIENS DENTISTES DU DOUBSÉtablissement 00038 | 778 296 632 | Besançon | — | — | Active |
| GROUP INTERSYND TRPTS ROUTIERSÉtablissement 00023 | 778 296 640 | École-Valentin | 14 novembre 1983 | — | Active |
| CHAMBRE SYNDIC ENTREP EMMENTAL ET COMTEÉtablissement 00012 | 778 296 665 | Besançon | — | 1 ou 2 salariés | Active |
| CH SYND DES FAB DE CONFECTIONÉtablissement 00016 | 778 296 673 | Besançon | — | — | Active |
| SYND FRANCAIS DES FABRIQUANTS DE MONTRESÉtablissement 00016 | 778 296 814 | Besançon | — | — | Active |
| MEDEF TERRITOIRES FRANC-COMTOISÉtablissement 00050 | 778 297 143 | Montbéliard | — | 6 à 9 salariés | Active |
| MEDEF TERRITOIRES FRANC-COMTOISÉtablissement 00068 | 778 297 143 | Besançon | — | 6 à 9 salariés | Active |
| FEDERATION REGIONALE TP DE FCÉtablissement 00032 | 778 297 168 | Besançon | — | — | Active |
| SYNDICAT REGIONAL AMBULANCIERSÉtablissement 00032 | 778 297 192 | Montferrand-le-Château | 8 juillet 1980 | — | Active |
| FEDE NATIONALE ARTISANS AUTOMOBILESÉtablissement 00017 | 778 297 200 | Besançon | — | — | Active |
| GROUP ENTREPRENEURS BATIM T PÉtablissement 00027 | 778 329 912 | Montbéliard | — | 6 à 9 salariés | Active |
| SYNDIC MEDECIN PAYS MONTBELIARÉtablissement 00025 | 778 329 946 | Montbéliard | — | — | Active |
| FEDERATION REGIONALE DES COOPERATIVES LAITIERES DU MASSIF JURASSIENÉtablissement 00054 | 778 396 259 | Morre | — | 10 à 19 salariés | Active |
| PETITES MOYENNES INDUSTRIESÉtablissement 00040 | 788 117 299 | Besançon | — | — | Active |
| FEDERATION REGIONALE CINOV BOURGOGNE FRANCHE COMTEÉtablissement 00017 | 798 220 554 | École-Valentin | 14 février 2013 | — | Active |
| CHAMBRE REGIONALE DES AGENTS GENERAUX D ASSURANCES DE FRANCHE COMTEÉtablissement 00010 | 814 171 757 | Montbéliard | 1er juillet 2015 | 1 ou 2 salariés | Active |
| CPME BOURGOGNE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00027 | 818 798 613 | École-Valentin | 1er janvier 2016 | 3 à 5 salariés | Active |
| UNION DES INDUSTRIES ET METIERS DE LA METALLURGIE DE LA HAUTE-SAONEÉtablissement 00015 | 822 946 273 | Exincourt | 9 juillet 2012 | — | Active |
| UNION DES INDUSTRIES ET METIERS DE LA METALLURGIE DE BELFORT-MONTBELIARDÉtablissement 00011 | 822 946 661 | Exincourt | 9 juillet 2012 | — | Active |
| SYNDICAT DES COMMERCANTS DES MARCHES DE FRANCE DU GRAND BESANCONÉtablissement 00010 | 824 801 906 | Besançon | 18 novembre 2016 | — | Active |
| SITE REMARQUABLE DU GOUT : SALAISONS EN TUYE DES PORTES DU HAUT-DOUBSÉtablissement 00010 | 832 781 066 | Fournets-Luisans | 7 mai 2013 | — | Active |
| SYNDICAT PROFESSIONNEL DE L'ENSEIGNEMENT LIBRE CATHOLIQUE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00011 | 838 082 816 | Bouverans | 14 octobre 2016 | — | Active |
| A PLUS DANS L'BUSÉtablissement 00012 | 842 479 412 | Vyt-lès-Belvoir | 23 juin 2016 | — | Active |
| ASSOCIATION DE GESTION PASTORALE D'ALPAGE DU JURAÉtablissement 00013 | 887 808 368 | Mouthe | 1er mars 2020 | — | Active |
| LE CABAS DE LA PLANEEÉtablissement 00016 | 894 312 883 | La Planée | 21 avril 2020 | — | Active |
| SYNDICAT LOCAL DE L'ECOLE DE VTT DU VAL DE MORTEAUÉtablissement 00013 | 895 204 204 | Villers-le-Lac | 1er mars 2021 | — | Active |
| LA MAISON DE L'ESSÉtablissement 00018 | 908 100 092 | Besançon | 18 novembre 2021 | — | Active |
| LE RESEAU DES PRO. BESANCONÉtablissement 00018 | 910 530 245 | Besançon | 7 février 2022 | — | Active |
| JEUNES AGRICULTEURS DE MOUTHEÉtablissement 00017 | 910 745 595 | Mouthe | 21 février 2022 | — | Active |
| ASSOCIATION DES ENTREPRENEURS LOCAUXÉtablissement 00012 | 921 709 937 | Boussières | 15 octobre 2021 | — | Active |
| SYNDICAT LIBERTE SANTEÉtablissement 00013 | 922 888 391 | Arc-et-Senans | 3 août 2021 | — | Active |
| AMAP LE PANIER DE LA BERGERONNETTEÉtablissement 00016 | 922 942 792 | Saint-Vit | 5 mars 2014 | — | Active |
| PAR AMOUR DU PAINÉtablissement 00010 | 923 567 994 | Charnay | 16 mai 2023 | — | Active |