| PERSPECTIVESÉtablissement 00042 | 434 186 862 | Besançon | 2 janvier 2001 | 250 à 499 salariés | Active |
| SYNDICAT ECCLESIASTIQUE DIOCESE BESANCONÉtablissement 00018 | 434 424 735 | Besançon | 1er janvier 1981 | — | Active |
| SOCIETE DU COEUR EUCHARISTIQUE DE JESUSÉtablissement 00031 | 437 632 474 | Beure | 4 avril 1996 | — | Active |
| ECONOMAT GENERALÉtablissement 00029 | 439 138 124 | Montferrand-le-Château | 1er juillet 2001 | 3 à 5 salariés | Active |
| EGLISE APOSTOLIQUE DE PONTARLIERÉtablissement 00015 | 439 955 527 | Pontarlier | 1er juillet 2001 | — | Active |
| EGLISE APOSTOLIQUE DE LEVIERÉtablissement 00018 | 441 674 637 | Levier | 1er juillet 2001 | — | Active |
| SOLIDARITE ET ENTRAIDE EVANGELIQUEÉtablissement 00018 | 441 746 088 | Audincourt | 10 février 1999 | — | Active |
| UNITE PASTORALE DE LEVIERÉtablissement 00015 | 449 749 787 | Levier | 1er septembre 2003 | 1 ou 2 salariés | Active |
| ASSEMBLEE DE DIEU DE SOCHAUXÉtablissement 00025 | 451 601 702 | Sochaux | 31 décembre 2003 | 1 ou 2 salariés | Active |
| ORDRE DES FRERES MINEUR LES FRANCISCAINSÉtablissement 00042 | 452 283 005 | Besançon | 25 juin 1996 | 20 à 49 salariés | Active |
| UNITE PASTORALE PLATEAU DU RUSSEYÉtablissement 00012 | 479 079 626 | Le Russey | 1er octobre 2004 | — | Active |
| FOYER LA MAITRISEÉtablissement 00013 | 479 269 169 | Besançon | 1er octobre 2004 | — | Active |
| UNITE PASTORALE SAINT JEAN BAPTISTEÉtablissement 00015 | 482 509 288 | Besançon | 24 mai 2005 | — | Active |
| UNITE PASTORALE CALIXTE II QUINGEYÉtablissement 00014 | 483 691 531 | Quingey | 13 juillet 2005 | — | Active |
| ADB PAROISSE SAINT ELOI DU HAUT DOUBS HORLOGER - MORTEAUÉtablissement 00011 | 485 247 134 | Morteau | 1er décembre 2005 | 1 ou 2 salariés | Active |
| ASS PAROISSIALE DE L EGLISE EVANGELIQUE LUTHERIENNE DE MONTECHEROUXÉtablissement 00015 | 488 298 779 | Montécheroux | 24 juin 1996 | — | Active |
| ASS CULTUELLE DE L'EGLISE PROTESTANTE EVANGELIQUE DE BESANCON PLANOISEÉtablissement 00011 | 488 984 865 | Besançon | 1er décembre 2005 | — | Active |
| UNION PASTORALE SAINT FERREOLÉtablissement 00019 | 494 263 965 | Besançon | 1er janvier 2007 | — | Active |
| EGLISE EVANGELIQUE ACTION BIBLIQUE DU PAYS DE MONTBELIARDÉtablissement 00011 | 500 743 117 | Étupes | 7 août 1992 | 1 ou 2 salariés | Active |
| EGLISE EVANGELIQUE BAPTISTE DE VALENTIGNEYÉtablissement 00016 | 503 826 372 | Valentigney | 1er janvier 2008 | — | Active |
| EGLISE EVANGELIQUE BAPTISTE DE MONTBELIARDÉtablissement 00018 | 504 031 907 | Montbéliard | 1er janvier 2008 | — | Active |
| ASSOCIATION CULTUELLE DE L'EGLISE PROTESTANTE UNIE LES DEUX RIVIERESÉtablissement 00031 | 504 787 474 | Fesches-le-Châtel | 14 août 1906 | 1 ou 2 salariés | Active |
| EGLISE PROSTESTANTE EVANGELIQUEÉtablissement 00018 | 509 467 338 | Besançon | 1er janvier 2007 | — | Active |
| ASS SERVIR SON PROCHAINÉtablissement 00012 | 513 193 979 | Valentigney | 25 mai 2005 | — | Active |
| UNITE PASTORALE NOTRE DAME DU MONTÉtablissement 00018 | 517 446 597 | Grandfontaine | 1er septembre 2009 | — | Active |
| ASSOCIATION LOCALE POUR LE CULTE DES TEMOINS DE JEHOVAH DE MONTBELIARDÉtablissement 00011 | 523 542 983 | Montbéliard | 19 juillet 1994 | — | Active |
| GROUPE BIBLIQUE DU PAYS DE MONTBELIARDÉtablissement 00010 | 528 746 555 | Audincourt | 12 juillet 2006 | — | Active |
| ASSOCIATION DES RESIDENTS MUSULMANS DE VALENTIGNEYÉtablissement 00013 | 753 600 394 | Valentigney | 29 décembre 1988 | — | Active |
| PAROISSE CATHOLIQUE SAINT MICHELÉtablissement 00018 | 753 796 275 | Voujeaucourt | 1er septembre 2012 | — | Active |
| UNION NATIONALE ASSOCIATIONS CULTUELLES EGLISE PROTESTANTE UNIE DE FRANCEÉtablissement 01434 | 775 675 465 | Montbéliard | — | 50 à 99 salariés | Active |
| EGLISE APOSTOLIQUEÉtablissement 00351 | 775 700 677 | Pontarlier | — | — | Active |
| EGLISE APOSTOLIQUEÉtablissement 00385 | 775 700 677 | Baume-les-Dames | — | — | Active |
| CONGREGATION SOEURS JESUS CRUCIFIEÉtablissement 00074 | 775 702 491 | Nans-sous-Sainte-Anne | — | 6 à 9 salariés | Active |
| PAROIS CATHOL IMMAC CONCEPTIONÉtablissement 00012 | 778 274 423 | Audincourt | — | — | Active |
| CONVENTION POUR UNE ALTERNATIVE PROGRES.Établissement 00037 | 778 274 720 | Audincourt | 1er avril 1991 | — | Active |
| PAROISSE SAINT MARTINÉtablissement 00015 | 778 276 840 | Baume-les-Dames | — | — | Active |
| SOEURS DE LA CHARITE DE SAINTE JEANNE ANTIDE THOURETÉtablissement 00100 | 778 293 183 | Besançon | — | 20 à 49 salariés | Active |
| ARCHEVECHE DE BESANCONÉtablissement 00015 | 778 294 066 | Besançon | — | 50 à 99 salariés | Active |
| CONGREGATION STE FAMILLEÉtablissement 00015 | 778 294 090 | Besançon | — | 6 à 9 salariés | Active |
| DIRECTION OEUVRES DIOCESAINESÉtablissement 00026 | 778 294 116 | Besançon | 1er septembre 2004 | — | Active |
| PAROISSE ST JEAN ST PIERREÉtablissement 00020 | 778 294 124 | Besançon | 1er septembre 1982 | — | Active |
| ASSOCIATION DIOCESAINE DE L'ENSEIGNEMENT RELIGIEUX DE BESANCONÉtablissement 00023 | 778 294 132 | Besançon | — | — | Active |
| PAROISSE BESANCON ST FERJEUXÉtablissement 00018 | 778 294 140 | Besançon | — | — | Active |
| RELIGIEUSES HOSPITALIERESÉtablissement 00012 | 778 294 157 | Besançon | — | — | Active |
| PAROISSE STE MADELEINEÉtablissement 00015 | 778 294 165 | Besançon | — | — | Active |
| ASS CULTUELLE ISRAELITEÉtablissement 00022 | 778 294 199 | Besançon | — | — | Active |
| ASSOC DIOCESAINE DE BESANCONÉtablissement 00013 | 778 298 372 | Besançon | — | — | Active |
| ASSOC DIOCESAINE DE BESANCONÉtablissement 00021 | 778 298 372 | Besançon | — | — | Active |
| ABBAYE NOTRE DAME DE LA GRACE DIEUÉtablissement 00014 | 778 303 636 | Chaux-lès-Passavant | — | — | Active |
| TEMPLE PROTESTANTÉtablissement 00010 | 778 307 132 | Désandans | — | — | Active |