| ASSOCIATION CULTUELLE DE L'EGLISE PROTESTANTE UNIE DE LA VALLEE DU RUPT (ACEPU DE LA VALLEE DU RUPT)Établissement 00015 | 100 122 605 | Sainte-Marie | 12 juin 1986 | — | Active |
| MAHANAIM : LE CAMP DE DIEUÉtablissement 00013 | 100 204 536 | Besançon | 13 janvier 2026 | — | Active |
| ASSEMBLEE CHRETIENNE DE BESANCONÉtablissement 00014 | 101 585 073 | Besançon | 8 janvier 2026 | — | Active |
| ASSEMBLEE CHRETIENNE DU RENOUVEAUÉtablissement 00014 | 105 854 947 | Baume-les-Dames | 6 octobre 2025 | — | Active |
| CERCLE PHILOSOPHIQUE LOBEREAUÉtablissement 00014 | 106 199 482 | Besançon | 26 décembre 2005 | — | Active |
| ASSOCIATION EGLISE D'ARCONÉtablissement 00017 | 130 396 419 | Arçon | 15 février 1985 | — | Active |
| UNION DES EGLISES EVANGELIQUESÉtablissement 00046 | 302 572 771 | Besançon | — | — | Active |
| ASS EGLISE EVANGELIQUE LUTHERIENNEÉtablissement 00012 | 302 796 040 | Bethoncourt | — | — | Active |
| ASSOCIATION CULTUELLE PROTESTANTEÉtablissement 00012 | 302 796 479 | Dasle | — | — | Active |
| ASSOCIATION CULTUELLEÉtablissement 00018 | 302 799 366 | Vandoncourt | — | — | Active |
| PAROISSE CATHOLIQUE ST JEANÉtablissement 00013 | 306 564 733 | Colombier-Fontaine | — | — | Active |
| ASS PAROIS EGLISE EVANG LUTHERIENNEÉtablissement 00014 | 307 016 899 | Bavans | — | — | Active |
| EGLISE PROTESTANTE UNIE DE FRANCEÉtablissement 00010 | 309 396 125 | Roches-lès-Blamont | — | — | Active |
| SOEURS MISSIONNAIRES NOTRE DAME AFRIQUEÉtablissement 00034 | 312 084 023 | Pays-de-Clerval | 1er janvier 1978 | 3 à 5 salariés | Active |
| ASSEMBLEE DE DIEUÉtablissement 00051 | 312 368 228 | Besançon | 1er janvier 1978 | 1 ou 2 salariés | Active |
| ASSOC DIOCESAINE BELFORT MONTBELIARDÉtablissement 00032 | 319 545 810 | Saint-Hippolyte | 9 janvier 1980 | 20 à 49 salariés | Active |
| CONGREGAT DOMINICAINE BETHANIEÉtablissement 00021 | 323 119 354 | Montferrand-le-Château | 1er juillet 1981 | — | Active |
| MEJ MOUVEMENT EUCHARISTIQUE DES JEUNESÉtablissement 00091 | 327 963 807 | Besançon | 15 juin 1983 | 6 à 9 salariés | Active |
| ASSOCIATION CULTUELLE DE L'EGLISE PROTESTANTE UNIE DE MONTBELIARD (ACEPU DE MONTBELIARD)Établissement 00027 | 329 813 976 | Montbéliard | 2 janvier 1984 | 1 ou 2 salariés | Active |
| SEDICOM BESANCONÉtablissement 00029 | 338 611 015 | Besançon | 11 octobre 1985 | — | Active |
| ASS DIOCESAINE CATHEDRALE SAINT JEANÉtablissement 00010 | 339 714 305 | Besançon | 1er janvier 1986 | — | Active |
| ASSOCIATION DIOCESAINE DE BESANCONÉtablissement 00017 | 353 403 942 | Vercel-Villedieu-le-Camp | 25 janvier 1990 | — | Active |
| PAROLE VIVANTEÉtablissement 00025 | 379 191 042 | Besançon | 10 mars 1964 | — | Active |
| EQUIPES OUVRIERES PROTESTANTESÉtablissement 00011 | 381 090 794 | Montbéliard | 22 février 1991 | — | Active |
| ASS PAROISSE CHAPELLE D HUINÉtablissement 00015 | 387 847 213 | Chapelle-d'Huin | 1er janvier 1989 | — | Active |
| ASSOCIATION LOCALE POUR LE CULTE DES TEMOINS DE JEHOVAH DE BESANCON NORD ET ESTÉtablissement 00022 | 388 240 228 | Chalèze | 1er janvier 1991 | — | Active |
| FRATERNITE SACERDOTALE SAINT PIERREÉtablissement 00093 | 388 905 879 | Besançon | 12 mai 1992 | 50 à 99 salariés | Active |
| PAROISSE SAINT PAULÉtablissement 00011 | 389 519 570 | Besançon | 1er novembre 1992 | — | Active |
| ASS SOUTIEN PASTORALE CATHO DOYENNE BES.Établissement 00020 | 402 080 956 | Besançon | 1er septembre 1995 | — | Active |
| ASS JEUNESSE OUVRIERE CHRETIENNE FEMININÉtablissement 00018 | 402 812 705 | Pontarlier | 5 juin 1985 | — | Active |
| UNITE PASTORALE DU PLATEAU DE MAICHEÉtablissement 00022 | 402 893 119 | Maîche | 1er janvier 1994 | 1 ou 2 salariés | Active |
| CONGREGATION DE L'ARMEE DU SALUT EN FRANCEÉtablissement 00067 | 403 885 338 | Audincourt | 7 janvier 1994 | 50 à 99 salariés | Active |
| CONGREGATION DE L'ARMEE DU SALUT EN FRANCEÉtablissement 00075 | 403 885 338 | Besançon | 7 janvier 1994 | 50 à 99 salariés | Active |
| CONGREGATION DE L'ARMEE DU SALUT EN FRANCEÉtablissement 00083 | 403 885 338 | Montbéliard | 7 janvier 1994 | 50 à 99 salariés | Active |
| ASS CULTUELLE EGLISE REFORMEE BESANCONÉtablissement 00010 | 409 749 744 | Besançon | 15 octobre 1996 | 1 ou 2 salariés | Active |
| EGLISE PROTESTANTE UNIE DE FRANCEÉtablissement 00011 | 410 699 219 | Sainte-Marie | 1er juillet 1905 | — | Active |
| ASS EGLISE EVANGELIQUE LUTHERIENNEÉtablissement 00015 | 410 712 228 | Fesches-le-Châtel | 1er juillet 1905 | — | Active |
| EGLISE PROTESTANTE UNIE DE FRANCEÉtablissement 00024 | 410 715 189 | Audincourt | 1er juillet 1905 | — | Active |
| ASS EGLISE EVANGELIQUE LUTHERIENNEÉtablissement 00011 | 410 715 361 | Dasle | 1er juillet 1905 | — | Active |
| EGLISE PROTESTANTE UNIE DE FRANCEÉtablissement 00012 | 410 715 643 | Hérimoncourt | 1er juillet 1905 | 1 ou 2 salariés | Active |
| ASS EGLISE EVANGELIQUE LUTHERIENNEÉtablissement 00019 | 410 715 809 | Vandoncourt | 1er juillet 1905 | — | Active |
| ACEPU DU MONT BARTÉtablissement 00016 | 410 715 981 | Voujeaucourt | 1er juillet 1905 | 1 ou 2 salariés | Active |
| EGLISE EVANGELIQUE BAPTISTEÉtablissement 00017 | 418 420 857 | Seloncourt | 1er janvier 1997 | — | Active |
| COMITE DES FETESÉtablissement 00010 | 421 376 930 | Présentevillers | 13 octobre 1998 | — | Active |
| ASSOC PAROISSES CATHOLIQUES D'AUDINCOURTÉtablissement 00025 | 422 138 727 | Audincourt | 1er janvier 1999 | — | Active |
| ART ET EVANGILEÉtablissement 00016 | 424 089 688 | Dung | 17 février 1999 | — | Active |
| ASS PAROISSE DE METABIEFÉtablissement 00014 | 428 047 930 | Métabief | 1er janvier 1989 | — | Active |
| ASSOC CULTUELLE DE BETHONCOURTÉtablissement 00032 | 433 098 589 | Bethoncourt | 6 juin 1978 | — | Active |
| U.P. NOTRE DAME D'AIGREMONTÉtablissement 00016 | 433 780 699 | Roulans | 20 novembre 2000 | — | Active |
| COMMU ISLAMO CULT BOSNIAQUE FRANCE COMTEÉtablissement 00017 | 433 984 846 | Sochaux | 18 novembre 1999 | — | Active |