| LES AMIS DE VEZELAY ET DE SA REGIONÉtablissement 00015 | 414 698 209 | Vézelay | 28 novembre 1997 | — | Active |
| PROTEC.DU PATRIMOINE DE FLEURY LA VALLEEÉtablissement 00018 | 419 473 665 | Fleury-la-Vallée | 23 janvier 1997 | — | Active |
| LES AMIS DU PATRIMOINE DE GUERCHYÉtablissement 00019 | 424 087 211 | Valravillon | 27 avril 1999 | — | Active |
| LES AMIS D ARGENTEUIL SUR ARMANCONÉtablissement 00011 | 443 149 109 | Argenteuil-sur-Armançon | 14 décembre 1991 | — | Active |
| ASSOC SAUVEGARDE PATRIMOINE FERROVIAIREÉtablissement 00011 | 447 565 904 | Saint-Fargeau | 15 novembre 2002 | — | Active |
| ASSOCIATION DES AMIS DU CHATEAU DE CONDEÉtablissement 00019 | 448 936 047 | Vallery | 9 juin 1993 | — | Active |
| STE FOUILLES ARCHEO MONUMENTS HIST YONNEÉtablissement 00022 | 451 939 979 | Auxerre | 28 février 1936 | — | Active |
| MONTMARTREÉtablissement 00044 | 477 725 162 | Tanlay | 23 juin 2004 | 0 salarié | Active |
| ARTEAMÉtablissement 00015 | 484 734 157 | Vermenton | 1er novembre 2005 | 3 à 5 salariés | Active |
| GUEDELONÉtablissement 00019 | 488 171 976 | Treigny-Perreuse-Sainte-Colombe | 23 janvier 2006 | 20 à 49 salariés | Active |
| LES AMIS DE L'ANCIENNE SYNAGOGUE DE CHABLISÉtablissement 00012 | 490 300 381 | Chablis | 3 juin 1996 | — | Active |
| LES AMIS DU PATRIMOINE DE LIGNY LE CHATELÉtablissement 00016 | 492 314 968 | Ligny-le-Châtel | 14 mai 2001 | — | Active |
| ASS AMIS DU CHATEAU ET LA COMMANDERIE DU SAULCE SUR YONNEÉtablissement 00016 | 509 438 115 | Escolives-Sainte-Camille | 27 août 2007 | — | Active |
| INDIVISION CHATEAU DE PRUNOYÉtablissement 00019 | 788 594 760 | Charny Orée de Puisaye | 2 avril 2012 | — | Active |
| SOCIETE D'EXPLOITATION DES GROTTES D'ARCY (S.E. GROTTES D'ARCY)Établissement 00027 | 792 730 947 | Arcy-sur-Cure | 1er mai 2013 | 3 à 5 salariés | Active |
| TOUS AU CHATEAUÉtablissement 00057 | 802 575 282 | Tonnerre | 16 mai 2014 | 20 à 49 salariés | Active |
| ECHO DES TEMPS PASSESÉtablissement 00028 | 827 759 838 | Les Hauts de Forterre | 11 mai 2016 | — | Active |
| FEY COMMONSÉtablissement 00017 | 831 055 884 | Villecien | 17 juillet 2017 | — | Active |
| TOISON D'OR - NOYERS SUR SEREINÉtablissement 00016 | 832 841 779 | Noyers | 9 août 2016 | — | Active |
| EVOLUTION DE L'HOMME DE NEANDERTHAL A ARCY (EHNA)Établissement 00014 | 833 619 703 | Champs-sur-Yonne | 10 septembre 2017 | — | Active |
| LES AMIS DE GRAND-VARENNESÉtablissement 00012 | 833 954 753 | Serbonnes | 31 juillet 2017 | — | Active |
| ASSOCIATION "PATRIMOINE DE PIERRE - PERTHUIS" (A3P)Établissement 00017 | 849 398 128 | Pierre-Perthuis | 14 janvier 2014 | — | Active |
| ASSOCIATION POUR LA SAUVEGARDE DU PATRIMOINE DE CHEVANNES (ASPC)Établissement 00011 | 851 340 497 | Chevannes | 22 mai 2012 | — | Active |
| LES AMIS DU PATRIMOINE ISLIEN DITE APIÉtablissement 00015 | 851 634 600 | L'Isle-sur-Serein | 3 juin 2013 | — | Active |
| ASSOCIATION CITE DES CLIMATS ET VINS DE BOURGOGNEÉtablissement 00027 | 853 953 792 | Chablis | 13 juin 2019 | — | Active |
| BELLECHAUME, SON PATRIMOINE, SON HISTOIREÉtablissement 00012 | 880 582 739 | Bellechaume | 15 octobre 2013 | — | Active |
| T.C.P. TI-CAZ-PEIÉtablissement 00014 | 880 855 432 | Cornant | 19 novembre 2019 | — | Active |
| VINNEUF : LES AMIS DU PATRIMOINEÉtablissement 00012 | 889 807 046 | Vinneuf | 18 mai 2015 | — | Active |
| LES BALTHASATTESÉtablissement 00014 | 894 394 436 | Villeperrot | 20 janvier 2021 | — | Active |
| VAL D'OCRE PATRIMOINEÉtablissement 00010 | 919 382 796 | Le Val d'Ocre | 4 juin 2022 | — | Active |
| SAS LA TERREÉtablissement 00023 | 921 369 385 | Pontigny | 27 octobre 2022 | 10 à 19 salariés | Active |
| SAINT BRIS BAILLY PATRIMOINEÉtablissement 00010 | 921 865 085 | Saint-Bris-le-Vineux | 4 avril 2017 | — | Active |
| ASSOCIATION DE PRESERVATION DU PATRIMOINE LAROCHOISÉtablissement 00012 | 922 723 838 | Laroche-Saint-Cydroine | 13 décembre 2022 | — | Active |
| L'ABREUVOIR DES AMISÉtablissement 00012 | 922 921 051 | Saint-Brancher | 10 janvier 2023 | — | Active |
| ASSOCIATION EGLISE SAINT-PIERRE-AUX-LIENSÉtablissement 00017 | 922 960 059 | Rousson | 14 décembre 2022 | — | Active |
| ASSOCIATION ANIMATION DECOUVERTE DU PETIT PATRIMOINE DE CHAMPLAYÉtablissement 00014 | 923 498 828 | Champlay | 16 octobre 2022 | — | Active |
| JAULGES D'HIER A AUJOURD'HUIÉtablissement 00018 | 923 535 843 | Jaulges | 6 juin 1992 | — | Active |
| SAUVEGARDE DU PATRIMOINE D'ANCY-LE-LIBRE - PROJET EGLISE SAINT-MAIXENTÉtablissement 00018 | 923 754 816 | Ancy-le-Libre | 23 mars 2023 | — | Active |
| SAUVEGARDE DE L'EGLISE SAINT-GERMAIN DE POILLY-SUR-THOLONÉtablissement 00017 | 923 913 651 | Poilly-sur-Tholon | 15 novembre 2019 | — | Active |
| LES AMIS DE L'ENVIRONNEMENT ET DU PATRIMOINE MONTOISÉtablissement 00017 | 924 426 315 | Mont-Saint-Sulpice | 22 décembre 2014 | — | Active |
| VILLON PATRIMOINEÉtablissement 00012 | 924 623 200 | Villon | 22 avril 2005 | — | Active |
| LES AMIS DE BINDIALOUMÉtablissement 00012 | 924 820 210 | Sens | 16 février 2024 | — | Active |
| SYNDICAT MIXTE DU GRAND SITE DE VEZELAYÉtablissement 00019 | 932 716 004 | Vézelay | 5 septembre 2024 | — | Active |
| LES AMIS DE LA CATHEDRALE DE PUISAYEÉtablissement 00016 | 937 641 496 | Treigny-Perreuse-Sainte-Colombe | 3 juin 2024 | — | Active |
| ASSOCIATION NOTRE DAME DE SAINT-PERE (ANDSP)Établissement 00011 | 987 506 375 | Saint-Père | 30 octobre 1987 | — | Active |
| ASSOCIATION DES AMIS DE L'EGLISE DE VEZINNESÉtablissement 00013 | 992 352 211 | Vézinnes | 2 août 2025 | — | Active |
| LES AMIS DE LA TOUR SALAZARÉtablissement 00016 | 994 768 117 | Vaudeurs | 14 janvier 2021 | — | Active |
| USY AUTREFOISÉtablissement 00013 | 995 065 612 | Domecy-sur-Cure | 31 octobre 2025 | — | Active |
| CONSERVATOIRE DE LA NATURE P BÉtablissement 00023 | 326 627 106 | Auxerre | 9 décembre 1982 | — | Active |
| CONSERVATOIRE D'ESPACES NATURELS DE BOURGOGNEÉtablissement 00147 | 381 653 278 | Avallon | 1er janvier 1991 | 20 à 49 salariés | Active |