| ASS LES AMIS MUSEE LUCIEN ROYÉtablissement 00015 | 389 297 789 | Beure | 31 décembre 1982 | — | Active |
| L AVENTURE PEUGEOT CITROEN DSÉtablissement 00027 | 389 761 578 | Sochaux | 4 juillet 1988 | 20 à 49 salariés | Active |
| L AVENTURE PEUGEOT CITROEN DSÉtablissement 00050 | 389 761 578 | Hérimoncourt | 4 juillet 1988 | 20 à 49 salariés | Active |
| LES AMIS DE LA FROMAGERIE MUSEE TREPOTÉtablissement 00017 | 390 900 447 | Trépot | 1er avril 1993 | — | Active |
| ASS DES AMIS DU MUSEE DE LA MONTREÉtablissement 00012 | 399 373 109 | Villers-le-Lac | 19 juillet 1993 | — | Active |
| COMITE DEPARTEMENTAL SPELEOLOGIE DOUBSÉtablissement 00010 | 401 419 916 | Miserey-Salines | 21 mars 1994 | — | Active |
| ASSOC. POUR CONSERVAT. AMELIOR. DU MUSEEÉtablissement 00017 | 408 066 918 | Rougemont | 23 octobre 1986 | — | Active |
| ASS DES AMIS DU MUSEE DE LA VIGNEÉtablissement 00017 | 408 882 009 | Lods | 1er juillet 1996 | — | Active |
| FONDATION DU PATRIMOINEÉtablissement 00751 | 413 812 827 | Besançon | 11 juillet 1997 | 100 à 199 salariés | Active |
| CITES DE CARACTERE BOURGOGNE FRANCHE-COMTEÉtablissement 00058 | 418 772 604 | Besançon | 22 février 1990 | 3 à 5 salariés | Active |
| RENAISSANCE DU VIEUX BESANCONÉtablissement 00025 | 418 860 813 | Besançon | 1er janvier 1997 | — | Active |
| AMIS DU MUSEUM DE BESANCONÉtablissement 00018 | 424 418 382 | Besançon | 24 décembre 1993 | — | Active |
| ASSOC SAUVEG. PRESBYTERE & TEMPLE BEUTALÉtablissement 00012 | 430 423 889 | Beutal | 30 janvier 1984 | — | Active |
| LES AMIS DU MUSEE DU COSTUME COMTOISÉtablissement 00018 | 431 415 611 | Montgesoye | 30 mars 1990 | — | Active |
| OFFICE POUR LES INSECTES ET LEUR ENVIRONNEMENTÉtablissement 00020 | 434 783 528 | Besançon | 1er février 2001 | — | Active |
| AMIS MUSEE RESISTANCE DEPORTATIONÉtablissement 00010 | 449 549 856 | Besançon | 1er janvier 1967 | — | Active |
| MUSEE DE LA MEMOIRE ET DE LA PAIXÉtablissement 00010 | 452 963 994 | Pays-de-Clerval | 31 juillet 2000 | — | Active |
| ASS B17 SOC EMULA HISTOR PORTES HT DOUBSÉtablissement 00016 | 453 695 884 | Avoudrey | 20 avril 2004 | — | Active |
| ASSOCIATION CULTURELLE POUR LA SAUVEGARDE DU PATRIMOINE DE L' EGLISE STE MADELEINEÉtablissement 00022 | 484 514 617 | Besançon | 5 juin 1998 | — | Active |
| GOUFFRE DE POUDREYÉtablissement 00011 | 499 861 797 | Étalans | 28 juin 2007 | 1 ou 2 salariés | Active |
| LE TRESOR DES SEQUANESÉtablissement 00015 | 500 011 580 | Burgille | 16 octobre 2007 | — | Active |
| SALINE ROYALE D ARC ET SENANSÉtablissement 00013 | 517 465 159 | Arc-et-Senans | 1er juin 2009 | 50 à 99 salariés | Active |
| LE CHATEAU DE MONTFAUCON ASS. POUR LA SAUVEGARDE DU PATRIMOINE HISTORIQUE ARCHEOLOGIQUE ET PAYSAGERÉtablissement 00014 | 520 006 818 | Montfaucon | 8 juillet 2009 | — | Active |
| ETABLISSEMENT PUBLIC - LA CITADELLE PATRIMOINE MONDIALÉtablissement 00018 | 529 368 078 | Besançon | 1er janvier 2011 | — | Active |
| FONDS DE DOTATION PEUGEOT POUR LA MEMOIRE DE L HISTOIRE INDUSTRIELLEÉtablissement 00028 | 750 150 989 | Hérimoncourt | 18 septembre 2010 | 1 ou 2 salariés | Active |
| ASS CULTURE BIBLIOTHEQUE POUR TOUSÉtablissement 00019 | 778 295 436 | Besançon | — | — | Active |
| LA DEMEURE HISTORIQUEÉtablissement 00873 | 784 359 887 | Vaire | — | 10 à 19 salariés | Active |
| L'AUTORAIL X2800 DU HAUT DOUBSÉtablissement 00010 | 790 876 601 | Valdahon | 19 mai 2009 | — | Active |
| MURS DES COTEAUX DE BELVOIR ET SON PATRIMOINEÉtablissement 00018 | 839 619 525 | Belvoir | 18 décembre 2014 | — | Active |
| ARKEONAUTESÉtablissement 00024 | 850 908 997 | Besançon | 11 mai 2019 | 0 salarié | Active |
| ASSOCIATION CHAPELLE NOTRE DAME DE CHATEYÉtablissement 00014 | 880 628 680 | Pont-de-Roide-Vermondans | 16 décembre 2019 | — | Active |
| VAL, PARC ET MONASTERE DE CONSOLATIONÉtablissement 00016 | 899 729 131 | Consolation-Maisonnettes | 2 avril 2021 | 3 à 5 salariés | Active |
| UN P'TIT BOUT DE SCHISTEÉtablissement 00010 | 902 270 966 | Lods | 15 juillet 2021 | — | Active |
| LA MALETIEREÉtablissement 00017 | 913 275 087 | Lombard | 29 juillet 2021 | — | Active |
| DOUBS LIBERATION US 44Établissement 00017 | 930 569 223 | Beure | 14 mars 2007 | — | Active |
| ASSOCIATION LA CHAPELLE NOTRE DAME DES AVENTURESÉtablissement 00014 | 991 288 598 | Bolandoz | 3 septembre 2024 | — | Active |
| LES AMIS DE LA RESERVE NATURELLE DU LAC DE REMORAYÉtablissement 00020 | 333 210 862 | Labergement-Sainte-Marie | 1er juillet 1985 | 10 à 19 salariés | Active |
| FEDERATION DES CONSERVATOIRES D ESPACES NATURELSÉtablissement 00106 | 385 320 270 | Besançon | 1er mars 1992 | 20 à 49 salariés | Active |
| CONSERVATOIRE D ESPACES NATURELS DE FRANCHE COMTEÉtablissement 00060 | 392 113 874 | Besançon | 26 juillet 1993 | 20 à 49 salariés | Active |
| SAONE & DOUBS VIV. SURDGAN VIV.-GESTIONÉtablissement 00042 | 414 655 977 | Besançon | 26 mai 1997 | — | Active |
| L'ODYSSEE BLANCHEÉtablissement 00012 | 421 783 937 | Chaux-Neuve | 1er janvier 1999 | 3 à 5 salariés | Active |
| ASSOCIATION COMTOISE DES AMIS DES JARDINSÉtablissement 00033 | 432 344 703 | Besançon | 13 juin 1994 | — | Active |
| GPT FORESTIER SOUS LE GD MONTÉtablissement 00017 | 453 314 643 | Valdahon | 5 avril 2004 | — | Active |
| CTE ETUD PROTEC NAT ENV ALLAN SAVOUÉtablissement 00017 | 484 219 530 | Brognard | 13 octobre 1987 | — | Active |