| FLUONIRÉtablissement 00011 | 102 939 857 | Dijon | 25 mars 2026 | — | Active |
| RIVOLUTION THERAPEUTICSÉtablissement 00017 | 107 233 959 | Dijon | 1er juillet 2026 | — | Active |
| UPGREDIENTÉtablissement 00017 | 109 212 506 | Dijon | 25 août 2026 | — | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05246 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05303 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| ASS TECHNIQUE VITICOLE DE BOURGOGNEÉtablissement 00054 | 318 846 839 | Beaune | 1er octobre 1978 | 3 à 5 salariés | Active |
| ONCODESIGN SERVICESÉtablissement 00057 | 399 693 811 | Dijon | 2 janvier 1995 | 200 à 249 salariés | Active |
| SEDIAGÉtablissement 00053 | 439 989 963 | Bretenière | 30 octobre 2001 | 6 à 9 salariés | Active |
| BIOMEPÉtablissement 00010 | 500 898 671 | Bretenière | 6 novembre 2007 | — | Active |
| ASSOCIATION BOURGUIGNONNE POUR LA RECHERCHE ET L ENSEIGNEMENT EN MEDECINE APPLIQUEE A LA DERMATOLOGIEÉtablissement 00011 | 507 382 877 | Dijon | 1er juin 2008 | — | Active |
| TERR'NOVAÉtablissement 00025 | 531 263 895 | Aiserey | 23 mars 2011 | — | Active |
| INVENTIVAÉtablissement 00026 | 537 530 255 | Daix | 25 octobre 2011 | 100 à 199 salariés | Active |
| BIOSERENITYÉtablissement 00072 | 799 995 782 | Dijon | 17 décembre 2013 | — | Active |
| H4 ORPHAN PHARMAÉtablissement 00015 | 821 279 734 | Dijon | 21 juin 2016 | 1 ou 2 salariés | Active |
| UMMON HEALTHTECHÉtablissement 00043 | 884 261 496 | Dijon | 9 juin 2020 | 10 à 19 salariés | Active |
| ONCODESIGN PRECISION MEDICINE (OPM)Établissement 00029 | 892 226 762 | Dijon | 15 décembre 2020 | 10 à 19 salariés | Active |
| ASSOCIATION MEDITERRANEENNE DE BIOGERONTOLOGIE (AMEBIO)Établissement 00010 | 912 425 519 | Fontaine-lès-Dijon | 14 mars 2022 | — | Active |
| AGIR POUR UNE UROLOGIE DIVERSIFIEE ET EQUITABLEÉtablissement 00017 | 912 781 218 | Quincey | 28 février 2022 | — | Active |
| GERTI : GROUPE D'ETUDES ET DE RECHERCHES EN THERAPEUTIQUES INNOVANTESÉtablissement 00018 | 913 137 378 | Dijon | 26 décembre 2007 | — | Active |
| ASSOCIATION POUR L'INTELLIGENCE ARTIFICIELLE APPLIQUEE AU PROCESSUS DE DECOUVERTE DE MEDICAMENTS OU FEDERAIDD (FEDERATIOÉtablissement 00019 | 922 990 809 | Dijon | 24 octobre 2022 | — | Active |
| ASSOCIATION POUR LA VALORISATION DE L'ANGIOLOGIE ET DE LA MEDECINE VASCULAIREÉtablissement 00014 | 924 504 442 | Dijon | 10 octobre 2023 | — | Active |
| CARTER BROWN INKÉtablissement 00019 | 928 842 558 | Semur-en-Auxois | 15 mai 2024 | — | Active |
| KIMI BIODESIGNÉtablissement 00016 | 934 816 786 | Flavignerot | 25 octobre 2024 | — | Active |
| KIMI BIODESIGNÉtablissement 00024 | 934 816 786 | Créancey | 25 octobre 2024 | — | Active |
| BIOQUALEXPERTÉtablissement 00014 | 941 663 353 | Chenôve | 27 février 2025 | — | Active |
| UPPERÉtablissement 00022 | 949 473 383 | Dijon | 2 mars 2023 | 3 à 5 salariés | Active |
| ABTXÉtablissement 00010 | 982 436 883 | Dijon | 2 janvier 2024 | — | Active |
| LB STRATEGY (L.B.S)Établissement 00016 | 995 147 659 | Autricourt | 12 décembre 2025 | — | Active |
| VIX ET L'ARCHEOLOGIE DU CHATILLONNAISÉtablissement 00010 | 100 739 747 | Châtillon-sur-Seine | 30 septembre 2025 | — | Active |
| TECH4BRAINÉtablissement 00018 | 100 752 419 | Dijon | 15 janvier 2026 | — | Active |
| LES P'TITS ELANSÉtablissement 00013 | 102 149 473 | Villers-la-Faye | 4 mars 2026 | — | Active |
| BUREAU BANKIVA RECHERCHESÉtablissement 00015 | 109 514 265 | Gergueil | 1er janvier 2027 | — | Active |
| INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALEÉtablissement 00221 | 180 036 048 | Dijon | 1er janvier 1968 | 5 000 à 9 999 salariés | Active |
| INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENTÉtablissement 00680 | 180 070 039 | Dijon | 1er janvier 1982 | 10 000 salariés et plus | Active |
| INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENTÉtablissement 00714 | 180 070 039 | Bretenière | 1er janvier 1982 | 10 000 salariés et plus | Active |
| INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENTÉtablissement 00730 | 180 070 039 | Beaune | 1er janvier 1982 | 10 000 salariés et plus | Active |
| INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENTÉtablissement 01449 | 180 070 039 | Dijon | 1er janvier 1982 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 04421 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 04926 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 04934 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05006 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05048 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05055 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05253 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05261 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05279 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05287 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 05295 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUEÉtablissement 09362 | 180 089 013 | Dijon | 17 février 1965 | 10 000 salariés et plus | Active |
| CC DE POUILLY EN AUXOIS/BLIGNY SUR OUCHEÉtablissement 00126 | 200 071 207 | Pouilly-en-Auxois | 1er janvier 2017 | 50 à 99 salariés | Active |